分子機能研究所と東京大学がバーチャルスクリーニングによるドラッグリポジショニングで成果　～MFDDインシリコ創薬受託研究サービス～

分子機能研究所(所在地：埼玉県三郷市、代表：辻一徳)は、MFDDインシリコ創薬受託研究サービスを展開しており、この程、バーチャルスクリーニングで難治性自己免疫疾患の一種であるI型インターフェロノパチーに対するドラッグリポジショニング候補薬を複数発見し、その共同執筆論文が国際査読学術誌(Journal of Clinical Immunology)に2025年8月31日に受理され、近々出版されることが決まりました[1]。

[1] Identification of potential therapeutic agents for type I interferonopathy using iPSC- based disease modeling. Journal of Clinical Immunology, 45, 140, 2025. DOI: https://doi.org/10.1007/s10875-025-01933-8

本研究は東京大学医学部(庄田宏文准教授、現東京医科大学教授)との共同研究として分子機能研究所がインシリコ創薬を担当しました。ChEMBLのドラッグライブラリを用いてオリゴアデニレートシンターゼ様プロテインを標的としたバーチャルスクリーニングを実施し、iPS細胞で樹立した疾患モデルで既存承認薬を含む臨床段階薬が治療指数有効と認められました。I型インターフェロノパチーに対する標準治療薬は知られておらず、今後の治療薬としての進展が期待されます。

本研究成果については2025年6月14日にEULAR2025国際会議(バルセロナ)で先行発表しています。

加えて、がんを標的とした東京大学との研究ではやはりドラッグリポジショニングの観点に基づくバーチャルスクリーニングを分子機能研究所が担当し、東京大学が細胞評価系を用いてヒット化合物中に複数の新規リガンド(作動薬や拮抗薬)の同定に成功しました。今後の研究成果が期待されます。

■「MFDDインシリコ創薬受託研究サービス」について

MFDDインシリコ創薬受託研究サービスは、単純な受託計算ではなく、事前に検証や論文調査を行い、最先端の構造ベース創薬(SBDD)やリガンドベース創薬(LBDD)、次世代の量子化学創薬(QMDD)などのインシリコ創薬技術を駆使して、お客様に最善の手法を提案します。

ホモロジー検索、アミノ酸配列アラインメント解析、ホモロジーモデリング、タンパク質二次構造予測、立体構造予測、生体高分子立体構造精密化、核酸(DNA、RNA)モデリング、ペプチドモデリング、複雑な生体高分子システムモデリング、分子動力学計算、分子シミュレーション、リガンド結合部位予測、基質結合部位予測、相互作用部位予測、分子ドッキング、誘導適合効果(インデュースドフィット)を考慮した生体高分子システム及びリガンドフレキシブルドッキング、タンパク質-リガンドドッキング、核酸-リガンドドッキング、タンパク質-タンパク質(ペプチド)ドッキング、化合物ライブラリー構築、化合物データベース作成、三次元化合物ライブラリー構築、インシリコスクリーニング、バーチャルスクリーニング、精密ドッキングスタディー解析、構造ベースファーマコフォア予測、結合様式予測、生体分子及び低分子の量子化学計算、フラグメント分子軌道計算、全系量子化学計算、インターフラグメント相互作用解析、QM/MM計算、ONIOM計算、電子相関MP2レベルでの振動解析による結合自由エネルギー計算、リガンドベースファーマコフォア予測、ファーマコフォアモデリング、ファーマコフォアベースバーチャルスクリーニング、リガンドベースバーチャルスクリーニング、類似化合物検索、部分構造検索、類似構造探索、活性化合物からの標的予測(逆引き予測)、定量的構造活性相関解析、3D QSAR、ROC分析、分子設計、ドラッグデザイン、リード最適化、遷移状態解析、NBO解析、反応座標解析、合成ルート検索、合成ルートデザイン、生体分子ネットワーク・パスウェイ解析などを駆使して創薬化学研究の課題解決をトータルにサポートします。

とくにリガンド結合部位予測やファーマコフォア予測は特許を取得した独自技術の強みがあるとともに、独自開発ソフトとオープンソースプログラムを利用した高度な自動化システムを構築しています。

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